El territorio ocupado actualmente por el municipio de Puerto Colombia formó parte jurídicamente del municipio de Tubará, territorio ocupado tradicionalmente por la cultura Mocaná.
Su origen data del año de 1850 cuando un número significativo de familias originarias de Tubará y San Antonio de Salgar levantaron sus viviendas al pie de un cerro llamado Cupino, del cual derivó su nombre como Cerro Cupino, atraídos por la abundancia de pesca y la tranquilidad del medio.
Posteriormente el caserío tomó el nombre de Puerto Colombia en 1893, cuando se concluyeron las obras de construcción del muelle a cargo del ingeniero cubano Francisco Javier Cisneros.
Se dio paso al terminal marítimo más importante de Colombia en las primeras cuatro décadas del siglo XX y a un municipio de permanente desarrollo, sirviendo de puerto a Barranquilla.
Este muelle fue en su momento el segundo más largo del mundo, con 4.000 pies de longitud.
El nombre se dio el día de la inauguración del muelle, 15 de agosto de 1893. Cisneros había propuesto al Presidente de la República de ese momento, Rafael Núñez, llamar a la localidad Puerto Núñez; él no aceptó y respondió que debía llamársele Puerto Cisneros, a lo que el ingenioso empresario contestó denominándolo Puerto Colombia.
La ciudad entró en completa decadencia hasta nuestros días cuando en 1936 se construyeron las Bocas de Ceniza que permitieron que Barranquilla construyera un terminal marítimo en su propio casco urbano.
En 1943, el gobierno colombiano prohibió la actividad portuaria a través del muelle de Puerto Colombia, inaugurado apenas 50 años atrás, condenando así a la ruina y al olvido a la floreciente población.
En la actualidad, el muelle quedo dividido en dos pedasos despues de que el mar se llevara 200 metros de su estructura impidiendo el paso a la casilla del muelle.
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